一种以奥美拉唑钠为活性成分的冻干粉针剂及其制备方法。该冻干粉针剂由奥美拉唑钠、依地酸二钠、pH调节剂和注射用水制备而成，其中，所述的奥美拉唑钠为一种新的奥美拉唑钠结晶化合物，其分子式为C17H18N3NaO3S•2H2O。该冻干粉针剂中所述的奥美拉唑钠是一种新的奥美拉唑钠结晶化合物，采用该新的奥美拉唑钠结晶化合物所制得的冻干粉针剂其稳定性优良。