该发明成果以β-D-阿糖腺苷为起始原料，加入反应酶进行酶促合成反应，经过滤、析晶后既得所述单磷酸阿糖腺苷。具体包括以下步骤：1）配制反应液：在温度为25℃-45℃的条件下，将去离子水、ATP .Na2、β-D-阿糖腺苷、甘油、镁离子溶液搅拌得混合液，在混合液中加入碱性溶液调节PH值至7 .5-9 .0，加入二硫苏糖醇，既得所述反应液；2）酶促合成反应：在所述反应液中加入反应酶进行酶促合成反应，控制反应液的PH值为7 .6-8 .6，反应时间为24h-72h，完成酶促合成反应；3）过滤、析晶：将步骤2）中完成酶促合成反应的反应液冷却，过滤得滤液，将滤液冷却析晶，再过滤，既得所述单磷酸阿糖腺苷。该方法制备成本较低，产品易分离纯化，纯度高，对环境污染小。