可可豆品质性状是影响巧克力、功能饮料等产品品质的主要因素，也是可可新品种选育的重要内容。但可可遗传上高度杂合，给优质品种的选育工作造成困难。本项目通过表达序列标签的微卫星标记EST-SSRs开发与利用，揭示了可可种质资源多样性及其亲缘关系，构建了热引4号可可、CCN51、EET62等可可主要品种的DNA指纹图谱；同时，通过可可脂、多酚等主要品质性状系统鉴定，筛选出高可可脂、高多酚等优异种质5份，并利用关联分析方法，摸清了可可群体的遗传结构特征，鉴定出与可可脂含量、咖啡因含量和可可碱含量显著关联的eS-To27L、eS-To29L、eS-Ct45R等标记位点，为可可优异等位基因发掘和分子标记辅助育种提供了技术支撑。