本发明涉及作物种苗繁育技术领域，公开了一种可可种苗繁育方法。该方法从可可母树上选择芽体饱满、无病虫害、半木质化、健壮的当年生枝条作为接穗枝，剪去叶片，保留叶柄，在休眠芽四个方向各切一刀，轻拉接穗上的叶柄使其从木质部上剥离；嫁接前1周将砧木打顶，保留3～5个叶片，嫁接时离地10cm～15cm较平直处开一平滑性长方形，深度刚见木质部，仅下部与砧木相连，宽度与接穗一致；将切好的接穗嵌入砧木切口，使接穗形成层与砧木形成层对齐，自下往上将接穗和砧木结合处用塑料薄膜包紧，使接穗和砧木切口间不接触空气；接穗愈合之后，及时清除砧木上长出的萌芽条，嫁接3个月后即得到可可优良品系苗木，为可可优良种苗繁育提供了一个行之有效的方法。