本发明公开了一种香型可可育种材料的鉴定方法。该方法采用顶空固相微萃取方法富集未经发酵和烘焙的香型可可和普通可可香气成分，利用GC/MS技术进行香气成分检测分析，建立香型可可与普通可可香气物质数据矩阵，通过计算待测未知可可样品与已知香型可可和已知普通可可样品间的香气组成的平均欧氏距离，并利用组间平均距离法进行聚类分析，获得未知可可和已知香型可可以及已知普通可可香气组成的聚类谱系图，从而判别待测可可样品是否属于香型可可。该方法可广泛用于可可选育种中香型材料的快速鉴定和市场上香型可可豆的真伪识别，解决了可可选育种中香型可可材料鉴定技术缺乏、鉴定难度大、耗时长的问题。