本研究就着高通量测序技术的发展，开发一种基于测序技术、限制性选择内切酶，高通量、低成本的同时解决SNP挖掘及甲基化多态性的方法AFSM（Amplified Fragment SNP and Methylation ）。能够大规模低成本的构建遗传连锁图谱，GWAS分析，演化分析，指纹图谱以及高通量甲基化分析等。使用限制性内切酶选择性扩增基因组，降低基因组复杂度。同时可以增加检测样品数量，降低单个样品测序覆盖度，大大降低重测序成本。本技术(AFSM)能够完成开发和检测SNP位点,同时产生一批甲基化多态性位点。以高通量、低成本、简洁快速的达到目的。在植物基因组学辅助育种方面具有广阔的应用前景。