本发明涉及一种基于团队硼亲和的糖蛋白表面印迹聚合物及其制备方法和应用，属医药功能材料制备技术领域；本发明首先将核壳结构的Fe3O4@PGMA纳米颗粒使用团队硼亲和分子进行修饰，使其表面硼酸功能化，其次，将修饰过的Fe3O4@PGMA与模板糖蛋白共同培养，将模板蛋白固定于粒子表面化，氧化引发苯胺聚合后进行一系列处理后得到吸附剂，并将吸附剂用于中性条件下糖蛋白的选择性识别和分离；制备的团队硼亲和糖蛋白表面印迹聚合物制备简单，能够有效避免调节pH造成的二次污染，重复利用性好，在中性条件下对糖蛋白具有较高的吸附容量，具有明显的糖蛋白识别性能，并且能够很好维持糖蛋白的生物活性。