本发明公开了一种疏水性药物晶体为模板的蛋白基非球形微囊及制备方法，制备方法为：1)将疏水性药物晶体制备成药物微粒；2)配制阳离子聚合物溶液，并与药物微粒制备得到第一种微粒；3)将第一种微粒与蛋白盐溶液制备得到第二种微粒；4)重复步骤2)和步骤3)1‑5次；5)将步骤4)中获得的微粒与戊二醛水溶液混合，反应；加入硼氢化钠水溶液，终止交联，得到最终微粒；6)将最终微粒与去核溶剂混合，离心，水洗得到中空结构或部分中空结构的蛋白基非球形微囊。本发明在对药物表面进行修饰的同时，发挥微囊的载体功能，可同时负载其他功效组份，达到联合给药的目的。本发明的方法重现性好，材料具有生物相容性、可降解性。