本发明公开了一种在作物种子胚乳生产虾青素的转基因育种方法。具体步骤为S1.根据育种作物的密码子偏好性，优化PSY、CrtI、BHY和BKT的4个基因的序列，将序列优化后的4个基因分别与育种作物胚乳表达启动子和质体转运肽融合，分别构建基因表达盒；将S1中的4个基因表达盒构建成植物转化载体，获得含PSY、CrtI、BHY和BKT的植物转化载体；将S2所述植物转化载体转化育种作物，获得种子胚乳为橙红色的合成虾青素的转基因作物。本发明实现虾青素在作物(尤其是水稻)种子胚乳中的合成，其产品即可以直接用于食用，也可以作为生产虾青素的原料，对于新型功能性作物育种具有重要的指导意义和生产应用价值。