本发明公开了一种内切几丁质酶及其编码基因和在生产几丁二糖中的应用。蛋白是如下(a)或(b)或(c)：(a)由序列2自N末端40至696位氨基酸残基组成的蛋白质；(b)有序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质；(c)将(a)或(b)的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有几丁质酶活性的由序列1衍生的蛋白质。利用本发明提供的几丁质酶制备几丁二糖，转化率高，能源消耗少，无污染物产生，具有重要的经济价值。本发明蛋白在工业应用中具有较大潜力。