本发明公开了一种桃仁与光核桃仁分析模型的构建方法及鉴别应用，通过对多批不同产地的桃仁和多批不同产地的光核桃仁进行HPLC指纹图谱的测定，得到每批桃仁和每批光核桃仁的共有峰峰面积，将其导入主成分分析软件中，利用综合评价函数值来确定最终的判别模型，利用该判别模型对桃仁药材进行鉴别应用。该方法所需药材量少，精密度高，指纹图谱的建立科学的反应了光核桃仁与桃仁的特征信息，结合主成分分析模型能够通过数据科学、直观的鉴别市场药材为桃仁还是光核桃仁。