本发明公开了一种基因工程菌及其在生产木糖醇中的应用。本发明通过在大肠杆菌染色体中插入一拷贝的葡萄糖脱氢基因zwf，胞内NADPH供应和木糖醇产量有所提高；再插入一拷贝的葡萄糖酸脱氢酶基因gnd，胞内NADPH供应和木糖醇产量进一步提高；最后敲除EMP路径关键酶基因pgi，胞内NADPH供应和木糖醇产量显著提高。构建的大肠杆菌基因工程菌2bzwfgndΔpgi相比出发菌株IS5‑5大幅提高木糖醇浓度、生产效率以及木糖醇对葡萄糖的产率。