本发明公开了一个来源于桑树的查尔酮异构酶基因MaCHI的序列、克隆方法及应用。该基因全长2112bp，含4个外显子和3个内含子，开放阅读框(ORF)全长为660bp，编码219个氨基酸，包括290bp的3′端非编码区。该基因为植物类黄酮合成路径中的关键基因之一，采用基因工程的方法，将其导入桑树中，实现过表达，可提高桑树各组织中类黄酮的含量。该发明还可以应用到其他植物中，改变植物体内类黄酮的含量及种类，降低从植物中提取类黄酮的成本，有利于促进类黄酮物质在医药产业中的开发利用。