本发明涉及一种粒径均一的琼脂糖凝胶微球生产系统及其生产工艺，包括生产区和位于生产区旁侧的控制区，所述生产区内设置有胶磨机和预混加热釜，所述胶磨机与一微波加热釜相连接，所述预混加热釜与一超声波均一消泡釜相连接，所述微波加热釜和超声波均一消泡釜均与一超声波均质釜相连接，所述高频超声均质釜与一油水分离器相连接，所述油水分离器的水相出口与一微球清洗器相连接，所述微球清洗器与一混匀器相连接，所述混匀器与一计量分装机相连接。本发明实现了粒径均一、球型圆滑、无杂质琼脂糖凝胶微球规模化生产；对于我国生物医药产业的发展有一定的推动作用，具有良好的社会、经济效益。