本发明属生物化学领域，涉及一种高通量检测化合物的靶标蛋白的方法。本方法基于能量转移均相时间分辨荧光共振的高通量检测技术，用于快速寻找化合物靶蛋白。本方法无需质谱分析及蛋白纯化检测化合物与蛋白质结合的测量，达到了与高通量筛选兼容。与传统的利用亲和柱的药物蛋白靶检测技术比较，本方法中加入药物无需裂解细胞，不需经过洗涤过程，从而降低传统生化方法产生的假阳性。本方法具有灵敏度高、重复性好、操作相对简便的特点，可用于化合物的体外蛋白靶点的高通量筛选，以及医药产业界筛选疾病蛋白结合的化合物，及学术界对与待定蛋白功能结构域的化合物筛选等。