本发明提供一种含有吡噻菌胺的杀菌组合物及其防治农业真菌病害的用途。该组合物主要包括有效量的A组分和B组分两种活性成分，A组分是吡噻菌胺，B组分选自嘧菌酯、吡唑醚菌酯、啶氧菌酯、烯肟菌胺、肟醚菌胺、苯醚菌酯、苯氧菌胺、丁香菌酯、唑菌酯、氰烯菌酯中的一种。本发明组合物应用时制成悬浮剂、可湿性粉剂、水分散粒剂、水剂、微乳剂或水乳剂，用于喷雾、灌根、拌种，对灰霉病、霜霉病、白粉病具优良的防效。