本发明公开了一种医疗系统间数据交换的处理系统，包括至少两个终端处理装置，每个终端处理装置包括应用接口层、文档服务装置、HL7消息处理装置、通信装置；一中心交换装置，其包括数据接收器、数据发送器、数据交换服务器、HL7数据转换服务器、映射库，该映射库中存储与私有模式数据一一对应的HL7标准数据，所述数据接收器完成对所述通信装置发送的标准HL7数据交换信息的接收，所述HL7数据转换服务器根据源数据消息包含的HL7数据模式和接收者信息从映射库中读取相应规则完成数据转换，并创建目的数据消息队列返回给数据交换服务器，数据交换服务器接着调用数据发送服务器将HL7标准数据发送给所述通信装置。本发明目的是提供一种医疗健康数据交换的处理系统，以解决医疗健康信息共享、交换困难的问题。