本发明公开一种基于逆向剔除法的高维度数据功能选择算法及其在医疗中的应用，该高维度数据功能选择算法包括三个阶段：第一阶段，基于交互作用的变量筛选法，先识别能够和其它因子交互作用从而形成功能模块的有影响力因子；第二阶段，由逆向剔除法产生功能模块，利用第一阶段产生的有影响力因子，选出能与之形成高度有影响力的功能模块，功能模块内的各因子互相作用，从而产生对因变量的强相关性；第三阶段，整合分类器，一个功能模块形成一个分类器，将多个分类器整合形成对因变量的分类规则。本方法在在医疗健康中能够为基因诊断与治疗提供量化结果，预测的准确率大大提高。