本发明涉及一种医疗信息处理方法和装置，根据临床医学术语标准定义的人体器官组织结构构建分层次的树形拓扑结构化语言文件格式的结构框架；在所述的结构框架中建立标准器官组织节点、临床词汇节点以及相应的逻辑关系节点和属性节点，将医疗信息系统中储存病人的医疗信息进行采集后转换为结构化的信息；将转化的结构化的信息分类放在对应层次的器官组织节点下的属性节点中，以实现病人多种类型的数字信息一体化集成存储与表达。本发明可与各种医疗应用平台系统进行集成并提供病人全面的医疗信息，可作为索引器用于各类检索系统。并且可提高病人医学信息使用效率，延长其价值链，可用于医疗研究和教学领域，促进个人医疗健康信息档案的建立与普及。