本发明涉及一种自动检测肠道菌群基因的智能马桶盖及其应用，属于医疗健康信息技术领域。系统主要包括马桶盖、不锈钢清洁喷嘴、采样棒、采样液、基因提取模块、PCR扩增模块、基因传感器、数据上报模块等。用户可直接将智能马桶盖安放于马桶之上，如厕过程中如果需要检测粪便，则智能马桶盖会自动采集粪便样本，并在基因层面上进行特种肠道菌群丰度的检测，检测结果通过网络传送到云服务器，用户通过移动端APP获取自己的检测结果，同时APP也会针对用户的检测结果给用户提出相应的建议。