本发明公开了一种医疗数据的聚合存储方法及系统，所述方法包括：存储设备采集个人医疗健康数据进行存储，具体包括存储设备直接采集医疗设备的健康数据，或者通过客户端采集用户的个人医疗健康数据；所述的存储设备和客户端上均设有私有云平台；存储设备通过私有云平台对接公有云医疗服务。本发明实现了对现有的个人医疗数据进行统一融合；同时，本发明将公有云的存储及处理功能私有化，从而保证了用户数据的安全性。若客户端与存储设备处于同一个局域网，则客户端直接访问存储设备的IP地址，将个人医疗健康数据存入存储设备中；通过利用私有云获取存储设备的域名，实现了客户端远程的存取个人医疗健康数据，方便快捷；同时保证了数据访问的安全性。