本发明涉及计算生物学和医疗健康领域，主要针对一类被称之为“微生物菌群相关疾病”的个性化精准诊断和健康评估，如消化道疾病、细菌性阴道病、牙周炎等疾病。提出和验证一种基于人体微生物菌群中微生物互作网络分析的评估方法：具体指通过检测和监控人体微生物互作网络中正负作用关系的比值而实现上述诊断或评估目的。发明人通过分析人体包括肠道、阴道、肺、口腔及皮肤多个部位的微生物菌群数据发现：疾病患者和健康人微生物互作网络中正负作用关系数量的比值(即P/N比值)存在显著差异。因此，该发明可为个性化精准诊断“微生物菌群相关疾病”提供了一种有效的检测指标和实施技术，同时可为评估人体健康人群疾病发生风险评估提供可靠的参考指标和技术支持。