本发明公开了一种基于医疗健康大数据的医疗耗材治理方法及其处理系统。处理方法包括采集病案数据和病案量，将所述医疗耗材数据和收费数据归一化处理，从所述医疗耗材数据和收费数据中排除异常数据获得样本医疗耗材数据和样本收费数据，对样本医疗耗材数据和样本收费数据统计分析，基于病案量、第三平均医疗耗材数据和第三平均收费数据获得总医疗耗材数据和总收费数据，基于所述总医疗耗材数据进行医疗耗材采购，基于总收费数据以及医疗耗材采购费用进行费用管理。