本发明涉及一种基于区块链的医疗分析系统，包括：注册模块根据医疗健康卡的信息生成非对称密钥对；控制医疗机构节点利用非对称密钥的公钥对用户进行注册验证；加密模块收到授权共享触发时，控制医疗机构节点对电子病历进行加密，并发送至第一前置数据库；签名模块接收到授权使用触发时，生成智能合约；对智能合约进行签名，并将签名后的智能合约发布到区块链；验证模块验证节点，触发执行：医疗机构节点进行合法性验证；当验证通过时，第一前置数据库中电子病历交换至第二前置数据库；分析模块对加密的电子病历进行解密，进行医疗分析。相对现有技术，本发明增强了授权认证的可靠性和不可伪造性，便于对地区性传染病之类的病症进行病疫分析。