本发明公开了一种微流控芯片及其改性方法和在检测食品细菌数量上应用，所述改性方法包括以下步骤：(1)将微流控芯片上的微流管道内表面的–CH3基团改性为‑OH基团；(2)所述步骤(1)反应完成之后，向所述微流管道内通入氨基硅烷试剂，进行氨基硅烷反应；(3)干燥之后，向所述微流管道内通入表面经由‑COOH改性过的树状大分子，进行偶联反应；(4)所述步骤(3)反应完成之后，向所述微流管道内通入对待测菌具有特异性识别性能且5’端由氨基改性过的适配体溶液，以使适配体接枝到所述树状大分子表面。本发明对微流控芯片进行改性，可快速检测食品细菌数量，提高检测效率，并且整个检测环境独立安全，防止交叉污染。