本发明公开了一种从喙果皂帽花中提取的具有抗菌活性的马兜铃内酰胺类化合物及其制备方法和应用，从喙果皂帽花根部分离得到了三种新马兜铃内酰胺类化合物，分别为连有2个甲氧基和2个羟基的马兜铃内酰胺(化合物Ⅰ)、3个甲氧基和2个羟基的马兜铃内酰胺(化合物Ⅱ，7位为羟基)、3个甲氧基和2个羟基的马兜铃内酰胺(化合物Ⅲ，7位为甲氧基)，化合物Ⅱ和化合物Ⅲ是同分异构体。其中化合物Ⅰ和化合物Ⅱ对蜡状芽孢杆菌有明显的抗菌活性，化合物Ⅰ和化合物Ⅱ对白色葡萄球菌(Staphylococcus albus)和大肠杆菌(Escherichia coli)有微弱的抑菌活性。