本发明公开了一种从琼岛染木树中提取分离鸡屎藤苷酸的方法，具有以下步骤：①将琼岛染木树的茎用乙醇水溶液提取，浓缩提取液后得到乙醇提取物；②将乙醇提取物分散在水中，依次用等体积的石油醚和乙酸乙酯进行萃取，将萃取后剩余的水相部分分散在水中后进行大孔树脂层析，并用乙醇水溶液进行梯度洗脱，对目标流分进行硅胶柱层析，并采用氯仿-甲醇进行梯度洗脱，得到鸡屎藤苷酸纯度≥50%的粗品；③将鸡屎藤苷酸粗品用甲醇溶解，然后进行硅胶柱层析，并采用氯仿-甲醇进行梯度洗脱，得到鸡屎藤苷酸纯度≥90%的精制品。本发明的方法开创性的从琼岛染木树中提取有效成分鸡屎藤苷酸，对于琼岛染木树药材资源综合利用具有较积极的意义。