本发明涉及一种辣椒红色素黄红分离的方法。该方法包括：将辣椒干燥、粉碎、造粒和浸提，得到色素浸出液；色素浸出液经脱辣后，采用湿法连续上样进行层析分离，分别得到两种洗脱液。洗脱液经浓缩得到辣椒黄色素和辣椒红色素。该方法通过次采用液-液连续萃取脱辣的方式显著提高了辣椒红色素的生产效率，同时又采用色素萃取液湿法连续上样的方式，弥补了辣椒红色素工业化生产中层析法分离的不足，为辣椒红产业化发展开辟了新的方向。