本发明公开了一种TMS刺激与视觉同步呈现控制方法，同时控制电脑和TMS刺激仪，实现视觉呈现与刺激给与的同步进行；具体的，通过便携式肌电仪确定运动阈限，TMS刺激设置输出强度为运动阈限的80％，通过程序实现TMS过程的控制。本发明实现了认知神经实验过程中视觉刺激材料与经颅磁刺激的电刺激同步发生，使心理实验过程中的电脑屏幕视觉呈现材料呈现与大脑电刺激同步进行，避免了电脑屏幕视觉材料呈现后再给与大脑电刺激干扰认知行为导致的大脑抑制或兴奋滞后。