本发明涉及一种多聚磷酸盐激酶基因及在污水除磷中的应用，具体涉及三个新型多聚磷酸盐激酶基因ppk33、ppk44、ppk73，分别具有如SEQ NO 1、SEQ NO 2和SEQ NO 3所示的核苷酸序列。本发明所述多聚磷酸盐激酶基因ppk33、ppk44、ppk73制备的工程菌，可用于去除污水中的磷元素，其中菌株M15/pQE30a‑ppk44T是其对应对照菌株去磷量的7倍，10h聚磷率高达70％。