本发明涉及属于生物工程领域，特别涉及一种食源性病原菌蜡样芽胞杆菌的噬菌体裂解酶PlyHSE3的应用。本专利所述裂解酶具有SEQ NO 1所示的核苷酸序列，及SEQ NO 2所示的氨基酸序列。该噬菌体裂解酶具有较高的温度耐受性和pH耐受性，可用于蜡样芽胞杆菌菌群细菌的防控，且该裂解酶可在4°C到45°C条件下防控病原蜡样芽胞杆菌；除此之外，该裂解酶还可裂解铜绿假单胞菌。本发明为目前食源性病原菌蜡样芽胞杆菌、其他蜡样芽胞杆菌菌群细菌及铜绿假单胞菌的防控提供了一种新的酶制剂来源。