本发明涉及一株聚磷菌及其多聚磷酸盐激酶基因在污水除磷中的应用。本发明中聚磷菌Acinetobacter johnsonii SE63保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC NO：M 2017801。本发明中的聚磷菌在人工合成废水中具有较好的聚磷能力，除磷率能达到36.4％。本发明从聚磷菌中获得3个多聚磷酸盐激酶基因分别为ppk44、ppk97、ppk2‑07，其具体序列分别如SEQ NO 1、SEQ NO 2和SEQ NO 3所示的核苷酸序列。本发明所述多聚磷酸盐激酶基因ppk44、ppk97、ppk2‑07通过基因工程技术制备成聚磷工程菌，可用于污水除磷，聚磷率可达66.2％。