本发明公开了一种多糖多酚植物组织双向电泳及高通量质谱分析的蛋白提取方法，取1.0克棉花叶片加入质量比为7％聚乙烯吡咯烷酮粉末，再研磨成粉末，溶于3ml冰水溶液混匀，置于－20℃下，过夜沉淀，对沉淀进行洗涤和离心处理，再加入改进的裂解缓冲液溶液至沉淀完全溶解，再加入BPP提取缓冲液后进行离心处理，取出上层清液，再在上层清液中加入过饱和甲硫酸铵，置于－20℃的温度下，直至有蛋白沉淀析出，继续洗涤和离心处理。将洗涤过的沉淀室温风干后，再加入裂解缓冲液溶液使沉淀完全溶解，并将溶液储存于－80℃备用。本发明实现了棉花叶片总蛋白质的高效提取，获得的蛋白质纯度高，能同时满足双向电泳及高通量质谱分析两种蛋白组学分析手段。