本发明涉及一种水椰种子收集及育苗方法，包括以下步骤：(1)在3～5月份，将网兜套在即将成熟的果实上并固定好；(2)将种子放入浓度100～200mg/L的吲哚乙酸水溶液中浸泡45～60分钟；(3)种子根部朝下放入含有营养土的育苗袋中进行萌发，每天浇灌稀释海盐水400～500ml；营养土由泥炭藓、海泥和海沙配制而成；(4)待水椰长出幼芽后，定期施肥料，并喷洒杀虫剂和杀菌剂；(5)待水椰幼苗长出5片子叶，高度超过50cm后，完成水椰育苗；将育苗袋撕破后，连同育苗袋中的营养土移栽到水椰的生境中。本发明选择自然脱落的种子，并合理配制营养土，合理调控种子处理、萌发、移栽操作参数等，提供了一种种子发芽率高达85～97％，幼苗成活率高达81～96％的水椰种子育苗方法。