本发明公开一种嵌入式车辆故障诊断系统，涉及车辆电子技术领域。包括：与至少两个车辆控制单元通信连接的嵌入式基础支撑平台，与嵌入式基础支撑平台通信连接的嵌入式车辆故障诊断仪，以及嵌入式车辆故障诊断仪的嵌入式系统的架构。嵌入式基础支撑平台能够从车辆的行车电脑中将多个车辆控制单元中的车辆信息获取并存储，从而与嵌入式基础支撑平台通信连接的嵌入式车辆故障诊断仪能够获取多种车辆信息，并进行综合诊断，以及输出相应的诊断结果。因此，嵌入式车辆故障诊断仪能够诊断不同的多个汽车电子控制系统。