本发明公开了一种高通量的数量性状调控基因分离的方法，其步骤是：1) 目标性状分离群体的构建：群体为两亲本杂交后代F2，F3，DH系和RIL中的群 体；2)群体中极端样本的混合和总RNA分离：将后代分离群体按性状表型划分 为三类；3)基因表达分析：利用基因表达分析方法以芯片、EST测序、差减和 cDNA-AFLP等，比较两个极端混合样本之间基因表达的异同；4)候选基因的获 得和验证：找出两个极端混样之间的差异表达基因，为目标性状相关的候选调控 基因，通过转基因、基因表达、分子标记相关性和贡献率分析方法验证基因的功 能，得到可调控性状表型的目标基因。适用于所有生物由多基因控制的某一数量 性状调控基因的分离，简单、快速、高通量和经济的基因分离方法。