本发明公开了一种木醋杆菌荧光染色的方法，是将木醋杆菌悬液离心，收集菌体沉淀并分散于磷酸盐缓冲生理盐水体系中；将菌体悬液与荧光染料水溶液在室温下反应，然后用在激发光进行激发。利用荧光显微镜及激光扫描共聚焦显微镜可以观察到菌体发射的荧光，并且用分子荧光光谱仪检测荧光强度。本发明简单易行，无污染，在不破坏生理状态的情况下利用荧光染料对木醋杆菌活体进行荧光染色，有利于对木醋杆菌进行跟踪检测，有利于观察和跟踪木醋杆菌培养体系的代谢过程，为进一步深入研究木醋杆菌的生物学特性及细菌纤维素生物合成过程提供一种简便可行的方法。