本发明涉及一种利用含酸性基团的多糖收获微藻的方法，利用带有可解离酸性基团(包括羧基、磷酸基或硫酸基等)的多糖(包括纤维素、海藻酸盐、细菌纤维素、淀粉、壳聚糖、甲壳素等)为絮凝剂，将适当用量的多糖聚电解质溶液添加到微藻悬浮液中，再调节悬浮液pH值，使微藻絮凝沉降，然后静止分层、脱水、干燥，得微藻固体。带有羧基、硫酸基或磷酸基的多糖荷电性可通过pH值及酸性基团含量调节，适用于不同品种微藻的沉降。多糖具有良好的生物活性、安全无毒，与微藻的化学成分类似，对微藻后续加工应用无不良影响，且可与微藻一起共同利用，如用于生物医药、食品、动物饲料、生物柴油、燃料乙醇生产等等。