本发明公开了一种基于三维DFT在体数据中嵌入多重水印的方法，属于多媒体信号处理领域。本发明的步骤是先进行水印的嵌入，包括：(1)对原体数据进行全局三维DFT，在变换系数中提取一个抗几何攻击的特征向量；(2)利用该特征向量和要嵌入的多水印通过Hash函数得到相应的二值逻辑序列，并将该二值序列存于第三方。然后进行多水印提取，包括：(3)对待测体数据进行全局三维DFT，提取该对象的特征向量；(4)利用Hash函数特性和存在第三方的二值逻辑序列提取多水印。本发明是基于全局三维DFT的体数据多水印嵌入技术，实验证明该算法有较强的抗几何和常规攻击能力，并且多重水印的嵌入不改变体数据的内容。