本发明公开了一种超声-微波协同提取硫酸软骨素的方法，先将罗非鱼加工下脚料经清洗、烘干、粉碎、脱脂后，过60目筛，得到鱼骨粉末；在超声-微波协同提取仪中进行提取；提取完成后浸提、过滤、冷却、调节pH，加入2%的复合蛋白酶进行酶解，酶解时间2h；待酶解结束后，进行灭酶、脱色、离心处理，所得上清液用超滤设备进行纯化浓缩，经乙醇沉淀后得到的不溶物，即为硫酸软骨素。该方法充分利用了超声波振动的空穴作用以及微波的高能作用，既缩短了提取时间，又显著提高了提取效率，从而大大的降低了生产成本，具有操作简便，提取周期短，提取率高，产品纯度高的优点。