本发明公开了一种发酵制备燃料酒精的方法。本发明方法包括如下步骤：1)液化：将木薯粉与水混合，先85℃～90℃蒸煮55～65min，再加入淀粉酶，80～85℃酶解55～65min，得到液化醪；淀粉酶的添加量为8～12U/g木薯粉；所述木薯粉与水的质量比为1∶(2.0～2.3)；2)糖化：将液化醪调整pH至4.0～4.5，添加糖化酶，60～65℃酶解5～15min，得到糖化醪；糖化酶的添加量为140～160U/g木薯粉。本发明工艺制备燃料乙醇的得率高，淀粉利用率高。本发明方法使用木薯作为原料，具有材料来源广泛、生产成本低、节约能源的有益效果。将本发明制得的燃料乙醇用于汽车燃料，缓解能源供需的矛盾。因此，本发明工艺具有重要意义。