本发明公开了一种从硅藻中分离提取硅藻壳体的方法，该提取过程中采用稀盐酸去除硅藻体内的碳酸盐，通过多次添加去离子水洗涤去除杂质以及加热烧结去除硅藻体内的有机质，完成了硅藻壳体的高纯度提取。本发明操作简单、效率高、安全性高、耗时少、不对环境造成污染，能使硅藻壳体保有原有种属硅藻的形貌和微观结构，并且X射线能谱仪测试结果显示硅藻壳体无有机质，所得硅藻壳体质量高。