本发明提供一种土壤养分分区管理方法，包括：采用空间叠加方法对数字化的被研究区域的地形图、土壤图、行政区划图、所述设定作物在所述被研究区域的分布图以及所述养分空间等级分布图进行空间叠加分析，生成所述被研究区域的所述设定作物的土壤养分分区管理初图；根据主要土壤性质相似原则，对所述土壤养分分区管理初图中的图斑按预设规则进行合并操作，得到一类以上土壤养分分区管理总单元；按照目标产量法计算各类所述土壤养分分区管理总单元中每株所述设定作物正常生长所需土壤养分的施肥量。能够有针对性的定量描述土壤特性及空间变化情况，对提高农田肥料利用效率，改善田间管理，特别对我国“精准农业”的实施具有重要意义。