本发明涉及一种椰肉原浆中温协同超高压间歇灭菌方法，具体包括以下步骤：步骤1、选择成熟度适中的当季新鲜椰子果；步骤2、将选好的椰子果去椰衣、破壳、去种皮，用清水清洗，沥干得到椰肉；步骤3、将椰肉切分、打浆制得椰肉原浆；步骤4、将椰肉原浆进行真空包装；步骤5、第一次中温协同超高压处理，卸压；步骤6、第二次中温协同超高压处理，卸压，取出经超高压处理的椰肉原浆。本发明采用中温协同超高压间歇处理方法对椰肉原浆灭菌，能保持新鲜椰肉原有风味和营养成分，灭菌效果好，时间短，不仅杀灭微生物营养体，而且杀灭细菌芽孢等耐压微生物。