本发明公开了一种木瓜椰奶多肽饮料及其制备方法。该方法包括：以木瓜浆和椰奶为原料进行水解，得到所述多肽饮料。水解的最优工艺为：木瓜与椰奶的质量比为21 : 50，水解温度为60℃，水解pH值为5.5，水解时间为3.7h。调配最佳配方为水解液含量、柠檬酸、白砂糖添加量分别为：42%、0.127%、12%。最佳稳定剂是黄原胶0.041%和CMC-Na0.064%。本发明是利用木瓜中的蛋白酶水解椰奶中的蛋白质得到的多肽饮品，其不仅富含木瓜中的多种营养成分，还将椰奶中难以利用的植物蛋白质水解成易于消化吸收的多肽类物质，提高了椰奶的利用率。