本发明公开了一种基于三维DFT感知哈希的体数据多数字水印技术，属于多媒体信号处理领域。本发明的步骤是：首先对医用体数据进行全局3D-DFT变换，选取前4×4×4个系数，再进行3D-IDFT变换，然后在反变换系数的实部中提取鲁棒的感知哈希函数，并将多水印序列与该感知哈希值相关联得到一串二值密钥序列，并将该二值密钥序列存于第三方；再通过对待测体数据使用三维DFT求取感知哈希值，并与存于第三方的二值序列相关联来进行多水印的提取。本发明是基于三维DFT感知哈希的体数据多数字水印技术，有较好的鲁棒性，多水印的嵌入不改变原始体数据的内容。