本发明公开了一种条斑叶长柱头长穗颈光身两系不育系的选育方法，属于特种水稻育种技术领域。本方法以水稻条斑叶突变体、长柱头品种、长穗颈品种、光身稻品种为亲本材料，以优异两系不育系为轮回亲本，通过杂交、复交及回交聚合方法将条斑叶、长柱头、长穗颈和光身这4种性状聚合到两系不育系中，经多代选择育成农艺、产量和育性性状与原不育系一致，具有条斑叶、长柱头、长穗颈和光身4种特殊有益性状的两系不育系，该不育系具有纯度高、制种少打赤霉素、制种产量高、易机械化收割等优点。