本发明公开了直立穗长柱头长穗颈三系不育系的选育方法，属于水稻不育系育种技术领域。本发明选用直立穗水稻品种沈农265、长柱头水稻品种海B长穗颈水稻品种IR68902eB1为目标性状提供亲本，以生产上推广面积较大的优异三系保持系为轮回亲本，通过杂交、复交以及回交转育，育成农艺性状、产量性状与原不育系相近，同时具有直立穗、长柱头和长穗颈性状的三系不育系，该不育系不包穗、柱头外露率高、异交结实率高，用它配制三系杂交稻可提高杂交稻的制种产量、降低生产成本和减少环境污染。