本发明公开了一种优良企鹅珍珠贝育种方法，以培育足丝缺失或微细为育种目标。首先选育海南野生群体繁殖第一代中性状优良个体通过平衡巢式交配建立家系，然后根据插核育珠实验效果进一步筛选，逐渐培育出足丝缺失或微细的企鹅珍珠贝优良品种。本发明所述方法能够有效提高插核育珠贝成活率、留核率、优珠率，因此具备良好的应用前景。