本发明公开了一种条斑叶长柱头长穗颈光身三系不育系的选育方法，属于特种水稻育种技术领域。本方法以水稻长柱头品种、条斑叶突变体、长穗颈品种、光身品种为亲本材料，以优异的三系保持系为轮回亲本(R)，通过杂交、复交及回交聚合方法将条斑叶、长柱头、长穗颈和光身这4种性状聚合到三系保持系中，再经过其与相应不育系杂交回交，育成农艺性状和产量性状与原不育系一致，具有条斑叶、长柱头、长穗颈和光身4种特殊有益性状的三系不育系，该三系不育系具有纯度高、制种少打赤霉素、制种产量高、易机械化收割等优点。